眼科检测案例

临床信息

男性，49岁

检测内容

全线粒体基因组 + 全部眼底疾病相关基因 panel，采用高通量测序技术对 502 个相关基因进行测序，检测范围包括基因编码区单核苷酸位点变异（SNV）、小片段插入/缺失

检出 2 个匹配受检者临床表型的致病性的基因变异

基因 染色体位置 转录本 外显子 核苷酸变化/氨基酸变化 测序深度 遗传模式 纯合/杂合 致病性分析
USH2A chr1-215847979 NM_206933

 

 exon63 c.13274C>T

p.T4425M

 150/145(0.49) het AR Uncertain significance
USH2A chr1-215955512 NM_206933

 

 Exon54 c.10612C>T

p.R3538X

 24/25(0.51) het AR Pathogenic

变异位点详解

受检者在 1 号染色体 215847979 位置发现一个杂合变异点，该变异位于 USH2A 基因 63 号外显子上（转录本为 NM_206933），具体变异信息为：c.13274C>T（胞嘧啶>胸腺嘧啶） 引起氨基酸变化：p.T4425M（苏氨酸>甲硫氨酸），此点为错义突变。该变异属于低频变异，在人群频率数据库中频率为 0.000199681（1000genome）。该突变对于蛋白功能的影响经软件预测，结果为有害 (SIFT)，有害(Polyphen2)。HGMD 数据库（人类基因突变数据库）已有此位点报道，表型为 Usher syndrome 2

参考文献

van Wijk,AJHG,74,738,2004，Pubmed ID:15015129

受检者在1号染色体 215955512 位置发现一个杂合变异点，该变异位于 USH2A 基因 54 号外显子上（转录本为 NM_206933），具体变异信息为：c.10612C>T（胞嘧啶>胸腺嘧啶） 引起氨基酸变化：p.R3538X（精氨酸>终止密码子），此点为无义突变。该变异属于低频变异，在人群频率数据库中未有频率数据（1000genome）。该突变对于蛋白功能的影响经软件预测，结果为未有预测结果 (SIFT)，未有预测结果 (Polyphen2)。HGMD 数据库（人类基因突变数据库）已有此位点报道，表型为 Usher syndrome 2

参考文献

Jiang,OJRD,10,,2015，Pubmed ID:26338283

USH2A 基因为视网膜色素变性 39; Usher 综合征，2A 型相关。该基因 OMIM 数据库上报道为常染色体隐性遗传（AR）。理论上必须在两个等位基因上均发生突变才有可能致病（纯合或复合杂合）。该样本在此基因上发现了 2 个变异位点，且其中一个变异位点来自父亲，另一个变异位点来自母亲，符合遗传规律，理论上可能致病